Sur les traces du virus du fruit rugueux brun de la tomate

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Extraction 1 (photo: Denise Altenbach, Agroscope)

Extraction 1 (photo: Denise Altenbach, Agroscope)

Le virus du fruit rugueux brun de la tomate est une nouvelle menace pour l’agriculture suisse - en particulier pour les tomates, les piments et les poivrons. Agroscope joue un rôle clé dans la lutte contre cet organisme de quarantaine en Suisse. Dans le laboratoire de quarantaine, un nouveau groupe de recherche analyse les échantillons de plantes envoyés au moyen d’un test PCR. En cas de résultat positif, des mesures drastiques sont nécessaires pour empêcher toute propagation et limiter les dégâts: récemment, une livraison de 6000 jeunes plants a dû être entièrement détruite à l’aéroport de Zurich.

On croirait un scénario de film: une livraison d’environ 6000 jeunes plants de tomates arrive en Suisse par avion. Des inspecteurs et inspectrices du Service phytosanitaire fédéral (SPF) prélèvent certaines plantes et les envoient à Agroscope à Changins (VD). Dans un laboratoire de quarantaine spécialement sécurisé, les chercheurs analysent les échantillons de plantes à la recherche du virus du fruit rugueux brun de la tomate. Le lendemain, le résultat est disponible et le virus détecté. Agroscope communique immédiatement le résultat au SPF. Celui-ci ordonne la destruction complète de la livraison à l’aéroport.

Le commerce mondial prend de l’ampleur

Le cas décrit ci-dessus n’est plus un cas isolé. Avec le développement du commerce mondial de semences et de plants, les nouveaux ravageurs augmentent en Suisse. L’année dernière, le virus du fruit rugueux brun de la tomate a été découvert pour la première fois sur des plantes importées en Suisse. En 2022, Agroscope a pour l’instant analysé trois lots d’importation, dont deux se sont révélés positifs. «C’est une course contre la montre», estime Denise Altenbach, responsable du groupe de recherche Diagnostic moléculaire des organismes nuisibles réglementés des végétaux. «Nous devons envoyer les résultats des tests moléculaires au SPF à l’aéroport au plus tard 48 heures après avoir reçu les échantillons de plantes. Nous n’avons pas le droit à l’erreur. Il faut à tout prix éviter que de jeunes plants infectés ne gagnent les exploitations de production et les jardins potagers». L’équipe de Denise Altenbach a été créée spécialement pour de telles analyses en novembre 2021 chez Agroscope. Le laboratoire est en cours de mise en place et sera encore développée.

Jusqu’à 1000 échantillons prévus

Le SPF et le service phytosanitaire d’Agroscope collaborent étroitement avec les services phytosanitaires cantonaux (SPC) dans la lutte contre le virus du fruit rugueux brun de la tomate. Un trio qui fonctionne bien pour empêcher la propagation de ce virus contagieux. Cet objectif ne peut être atteint que si le virus est détecté suffisamment tôt. Cette année, jusqu’à 1000 contrôles aléatoires sont prévus, par exemple dans les exploitations de production de tomates, de piments et de poivrons ainsi que dans les pépinières ou jardineries. A cela s’ajoutent les interventions imprévues comme dans le cas de l’importation décrite ci-dessus.

L’eau de drainage est également analysée


L’eau de drainage des serres est également analysée à la recherche du virus du fruit rugueux brun de la tomate. C’est une méthode qui est aussi utilisée pour détecter le coronavirus dans les eaux usées des stations d’épuration. Si un échantillon s’avère positif, par exemple dans une exploitation de production, la récolte des fruits devra être effectuée en prenant des mesures d’hygiène strictes. Ceci parce que les experts estiment que le risque de propagation par les fruits est moindre et que les dommages pour les producteurs seraient disproportionnés. A la fin de la saison, toutes les plantes devront être brûlées et toutes les serres concernées, y compris le circuit d’irrigation, devront être décontaminées.

Importance de l’échange au niveau international

«Nous essayons de protéger l’agriculture contre le virus», déclare Denise Altenbach pour expliquer sa mission dans la lutte contre ce virus, qui est inoffensif pour l’homme. «Comme pour la grippe et le Covid-19, il n’est pas toujours facile de distinguer une infestation par le virus du fruit rugueux brun de la tomate d’une infestation par d’autres virus sur la seule base des symptômes. Seuls nos tests moléculaires permettent de déterminer s’il s’agit ou non du virus du fruit rugueux brun de la tomate». L’échange au niveau international, auquel participe Agroscope, constitue un autre élément de la lutte contre le virus du fruit rugueux brun de la tomate. Les experts suisses peuvent ainsi profiter de l’expérience d’autres pays qui sont confrontés depuis longtemps à ce virus.

Contexte

Le virus du fruit rugueux brun de la tomate (Tomato Brown Rugose Fruit Virus, ToBRFV) a été détecté pour la première fois en Suisse en 2021 - dans une exploitation de production de tomates en Thurgovie. Cette maladie des plantes s’attaque aux tomates, aux piments et aux poivrons. D’autres plantes hôtes dans les champs ou dans l’environnement ne sont actuellement pas connues. Des pertes de rendement allant jusqu’à 100 % sont possibles. Le virus du fruit rugueux brun de la tomate est très contagieux. Il survit longtemps sur les résidus végétaux, dans le sol et dans les serres. En tant qu’organisme de quarantaine, le virus du fruit rugueux brun de la tomate doit être déclaré et combattu. Il est surveillé par les services phytosanitaires fédéraux et cantonaux.


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