Virus-Varianten in der Pandemie schneller aufspüren

Emma Hodcroft, PhD © Oliver Hochstrasser - Forschende weltweit fordern eine bessere Integration von Virusgenetik, Bioinformatik und Gesundheitswesen, um Pandemien besser zu bekämpfen zu können. Zu den Vorteilen aus Schweizer Sicht äussern sich in der Fachzeitschrift Nature Emma Hodcroft der Universität Bern und vom SIB Swiss Institute of Bioinformatics, und Christophe Dessimoz von der Universität Lausanne und vom SIB. 'Was Forschende in einem Jahr seit der Entdeckung eines brandneuen Virus erreicht haben, ist wirklich bemerkenswert', sagt Emma Hodcroft vom Institut für Sozialund Präventivmedizin (ISPM) der Universität Bern, Erstautorin des Kommentars. 'Aber die Werkzeuge, die Forschende einsetzen um zu untersuchen, wie SARS-CoV-2 sich entwickelt und ausbreitet, waren nie für die einzigartigen Belastungen oder Datenmengen dieser Pandemie ausgelegt.' SARS-CoV-2 ist heute einer der am meisten sequenzierten Erreger aller Zeiten, mit über 600'000 Vollgenom-Sequenzen, die seit Beginn der Pandemie generiert wurden, und über 5'000 neuen Sequenzen, die jeden Tag aus der ganzen Welt eintreffen. Die heute verwendeten Analyseund Visualisierungstools (einschliesslich Nextstrain, das von Richard Nehers Gruppe am SIB und der Universität Basel mitentwickelt wurde) waren jedoch nie für die Menge und Geschwindigkeit der heute generierten Sequenzen vorgesehen - ebensowenig, dass sie in einem solchen Ausmass für Massnahmen des öffentlichen Gesundheitswesens herangezogen werden. 'Überall auf der Welt beruht die genomische Überwachung auf der Initiative von Forschenden, um wesentliche Antworten zu finden.