Post-doctorant-e

 
Published
WorkplaceGeneva, Lake Geneva region, Switzerland
Category
Position
Aide

Entité organisationnelle

Faculté de médecine

Section / Division

Section de médecine fondamentale

Fonction

Post-doctorant-e

Code fonction

PDOC

Classe maximum

14

Corps

Assistant - maître assistant

Délai d’inscription

30-06-2022

Référence

4727

Description du poste

La Faculté de médecine de l’Université de Genève bénéficie d’une dynamique multiculturelle enrichissante à laquelle elle contribue par son rayonnement dans le cadre des mandats qu’elle s’est donnés : l’enseignement, la recherche et son partenariat avec les Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG).

Afin de renforcer son équipe, le laboratoire du Professeur Doron Merkler (faisant partie du Département de pathologie et immunologie de l’Université de Genève et affilié au Département de pathologie clinique des Hôpitaux Universitaires de Genève, Suisse) recherche un-e Post-doctorant-e, spécialisé-e en bioinformatique (avec doctorat en bioinformatique et expérience en biologie computationnelle, biostatistiques, data science, informatique biomédicale ou domaine connexe).

Le domaine de recherche du laboratoire, situé au sein du Centre Médical Universitaire (CMU), est axé sur la caractérisation des réponses immunitaires des maladies infectieuses et autoimmunes du système nerveux central. Dans le cadre du projet en question, le/la post-doctorant-e sera en charge d’effectuer des analyses bioinformatiques pour des projets portant sur les maladies neuro-inflammatoires humaines et les systèmes de modèles correspondants.

Titre et compétences exigés

Le/la candidat-e doit être titulaire d’un doctorat en bioinformatique et bénéficier de solides compétences dans l’analyse bioinformatique, notamment:

  • Application de biostatistiques modernes et de méthodes d’apprentissage automatiques en debit de données moléculaires. Analyse, intégration et visualisation de différents types de données omiques, incluant des données génomiques, transcriptomiques et protéomiques.

  • Contextualisation des résultats des expériences omiques, y compris la corrélation avec les phénotypes cellulaires, la génération et la comparaison de signatures moléculaires, les analyses au niveau des voies et des réseaux.

  • Bonnes compétences de communication, visant à optimiser le travail et l’interaction avec les biologistes, clinicien-nes et data scientists.

  • Excellentes connaissances des méthodes de calcul en vue de l’analyse, de l’intégration et de l’interprétation de multiples types de données biologiques à haut débit issues du séquençage et des technologies basées sur des réseaux (sc and sn RNAseq, ATAC seq, Chip Seq etc.).

  • Expérience avérée de l’application de méthodes d’apprentissage automatique supervisées et non supervisées aux données biomédicales.

  • Excellentes compétences dans l’analyse de données, la visualisation de données et la programmation statistique en R/Bioconducteur.

  • Une bonne compréhension de la biologie et de l’immunologie sera considérée comme un atout.

  • Bonnes connaissances de la ligne de commande Linux/Unix et des environnements informatiques haute performance.



Après une période de formation aux méthodes utilisées par le laboratoire, le/la post-doctorant-e sera intégré-e dans l’équipe et devra jouer un rôle de premier plan dans le projet de recherche ambitieux auquel il/elle sera affecté-e. Il est attendu à ce qu’il/elle exerce son activité tout en collaborant efficacement avec l’équipe et qu’il/elle démontre ses compétences dans la réalisation d’analyses bioinformatiques en collaboration avec ses collègues du laboratoire. Le/la post-doctorant-e devra également être en mesure de communiquer de façon optimale avec les divers intervenants, tant de vive voix que par écrit, afin de pouvoir présenter les résultats obtenus à la communauté scientifique.

Environnement professionnel:
L’Université de Genève (UNIGE) offre des conditions de rémunération préférentielles, avec des laboratoires de recherche utilisant des technologies de pointe. Genève est une ville internationale offrant un cadre de vie agréable entre lac et montagnes/Alpes.

S é lect ion de publications du laboratoire :

Vincenti et al. Science translational medicine (2022) Page, N. et al. Nat. Communication (2021) Page, N. et al. Immunity 48, 937-950 e938, (2018) Di Liberto, G. et al. Cell 175, 458-471 e419, (2018) Steinbach, K. et al. Science Translational Medicine 11, eaav5519, (2019)

Entrée en fonction

1er septembre 2022 ou date à convenir

Contact

Pour toute information complémentaire, veuillez contacter ilse.jonker unige.ch

Les candidatures doivent être envoyées par email à ilse.jonkerunige.ch avec une lettre de motivation, un Curriculum Vitae incluant : publications, réalisations et intérêts scientifiques ainsi que 2, voire 3 références, copies des diplômes et certificats obtenus.

Informations complémentaires

Autres informations:

Institution: Université de Genève, Faculté de médecine
Section / division: Section de médecine fondamentale
Fonction: Post-doctorant-e
Durée du financement: Financement assuré pour 3 ans (validé par des contrats d’un an, renouvelables)
Lieu de travail:CMU (Centre médical universitaire) – Rue Michel-Servet 1, 1206 Genève, Suisse - Départment de pathologie et immunologie PATIM

Job description

In order to strengthen the team of Professor Doron Merkler’s laboratory (part of the Department of Pathology and Immunology of the University of Geneva and affiliated to the Division of Clinical Pathology of the University Hospital of Geneva, Switzerland) is looking for a Post-doctoral employee, specialized in Bioinformatics (PhD in bioinformatics, computational biology, biostatistics, data science, biomedical informatics or a related field) The research area of the laboratory, located within the University Medical Center (CMU), is focused on the characterization of immune responses in infectious and autoimmune diseases of the central nervous system. In the context of this project, the candidate will be in charge of bioinformatics analyses in the context of projects that concern human neuroinflammatory diseases and corresponding model systems.

Skills / profile required:

The candidate must have a strong competence in bioinformatics analysis and possess the following skills:

  • Application of modern biostatistics and machine learning methods to high-throughput molecular data; analysis, integration and visualization of different types of omics data, including genomics, transcriptomics and proteomics

  • Contextualization of results from omics experiments, including correlation with cellular phenotypes, generation and comparison of molecular signatures, pathway- and network- level analyses

  • Good communication skills to work and interact with biologists, clinicians and data scientists

  • Excellent knowledge of computational methods for the analysis, integration and interpretation of multiple types of high-throughput biological data from sequencing and array-based technologies (sc and sn RNAseq, ATAC seq, Chip Seq etc.)

  • Demonstrated experience with the application of supervised and unsupervised machine learning methods to biomedical data

  • Excellent skills in data analysis, data visualization and statistical programming in R/Bioconductor

  • Familiarity with Linux/Unix command line and high-performance computing environments

  • Sound understanding of biology and immunology will be considered as a plus



After a period of training in the methods used by the laboratory, the post-doctoral employee will be integrated into the team and will be expected to play a leading role in the ambitious research project to which he/she will be assigned. He/she will be expected to carry out his/her activity while collaborating effectively with the team and will have to demonstrate skills in performing bioinformatic analysis in collaboration with colleagues within the laboratory. It is also expected that the candidate will be able to communicate optimally with the various stakeholders, both orally and in writing, in order to be able to present the results obtained to the scientific community.

Professional environment:

The University of Geneva (UNIGE) offers preferential salary conditions, with research laboratories using state-of-the-art technologies. Geneva is an international city offering a pleasant living environment between lake and mountains/Alps.

Selection of publications from the laboratory:
Vincenti et al. Science translational medicine (2022) Page, N. et al. Nat. Communication (2021) Page, N. et al. Immunity 48, 937-950 e938, (2018) Di Liberto, G. et al. Cell 175, 458-471 e419, (2018) Steinbach, K. et al. Science Translational Medicine 11, eaav5519, (2019)

Time limit for application:

June 30, 2022

Starting date:

September 1st 2022 or date to be agreed upon.

Contact and sending of applications:

For further information, please contact ilse.jonkerunige.ch

Applications should be sent by email to ilse.jonkerunige.ch with a letter of motivation, a Curriculum Vitae including: publications, scientific achievements and interests as well as 2 or 3 references, copies of diplomas and certificates obtained.

Other information:

Institution: University of Geneva, Faculty of Medicine
Section / Division: Section of Basic Medicine
Position: Postdoctoral Fellow
Duration of funding: Funding is provided for 3 years (validated by one-year, renewable contracts).
Workplace:CMU (University Medical Center) - Rue Michel-Servet 1, 1206 Geneva, Switzerland - Department of Pathology and Immunology L’Université de Genève offre des conditions d’engagement motivantes dans un cadre de travail stimulant. En nous rejoignant, vous aurez l’occasion de mettre en valeur vos compétences ainsi que votre personnalité et contribuer activement au rayonnement d’une Institution fondée en 1559.

Dans une perspective de parité, l’Université encourage les candidatures du sexe sous-représenté.
 
In your application, please refer to myScience.ch and reference JobID 56938.


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