Les secrets d’Omicron révélés au microscope

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Les secrets d’Omicron révélés au microscope

Grâce à la puissance des machines du Centre Dubochet d’imagerie, les scientifiques de l’EPFL ont pu observer la configuration de la protéine Spike du nouveau variant du SARS-CoV-2 à l’échelle de l’atome. Cela pourrait permettre de comprendre les mécanismes par lesquels il échappe aux vaccins et aux anticorps.

Depuis quelques semaines, Lausanne héberge des microscopes électroniques parmi les plus puissants du monde. Rassemblés au sein du Dubochet Center for Imaging (DCI), qui regroupe aussi des chercheurs de l’UNIL et de l’Université de Genève, ils pourraient se révéler de précieux alliés dans la lutte contre la pandémie de COVID-19, et tout particulièrement contre le nouveau variant Omicron du SARS-CoV-2, en train d’envahir la planète.

«Nous avons établi, en collaboration avec le groupe du virologue Didier Trono et celui de la spécialiste des protéines Florence Pojer, une image précise de la structure de la protéine Spike du variant Omicron», explique Henning Stahlberg, qui a installé le DCI sur le campus lausannois. Le Centre a déjà réalisé il y a quelques semaines l’image la plus précise à ce jour - avec une résolution de 2Ã…, qui permet de voir individuellement les atomes - de la protéine Spike du virus original. «Nous pouvons observer avec précision quelles modifications dues à Omicron peuvent expliquer que ce variant échappe totalement au vaccin d’AstraZeneca, et partiellement à celui de Pfizer», précise Henning Stahlberg.

Grâce aux images de microscopie électronique à haute résolution, les scientifiques peuvent améliorer leur compréhension de la manière dont la protéine spike modifiée se lie aux récepteurs cellulaires ACE2, ce qui permet au virus de pénétrer dans les cellules humaines. Ces connaissances pourraient ouvrir la voie à de nouvelles approches thérapeutiques. «Obtenir la structure de la Spike d’omicron moins d’un mois après que ce variant a été identifié, c’est comme atterrir sur une planéte dans les semaines suivant sa première observation au téléscope », s’enthousiasme Didier Trono. «Le potentiel de cette technologie est tout simplement extraordinaire.»

Ce résultat, pas encore revu par des pairs, a été publié aujourd’hui sur le site open-source bioRxiv.org sous la référence BIORXIV/2021/474250 . Les scientifiques du monde entier peuvent désormais s’en emparer pour mener des recherches sur les interactions du nouveau variant avec les diverses molécules thérapeutiques existantes.


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