Comment suivre plus rapidement les variants de la pandémie

Dr Emma Hodcroft de l'Université de Berne et du SIB Un groupe de chercheurs internationaux appelle à une meilleure intégration de la génétique virale, de la bioinformatique et de la santé publique pour permettre une meilleure réponse à la pandémie actuelle et une meilleure préparation pour gérer celles à venir Dans un article d'opinion publié dans la revue Nature, ces spécialistes en analyse virale et génétique, dirigés par les scientifiques suisses Dr Emma Hodcroft de l'Université de Berne et Prof.Christophe Dessimoz de l'Université de Lausanne, tous deux au SIB Institut suisse de Bioinformatique , aux côtés du Dr Nick Goldman à l'EMBL-EBI au Royaume-Uni, ont exposé les "goulets d'étranglement en bioinformatique" qui entravent la réponse à la pandémie de SRAS-CoV-2. Ils proposent des moyens de "dégager la voie" pour de meilleurs outils et approches. Voici les principaux messages à retenir et des perspectives sous l'angle suisse. Ce que les scientifiques ont accompli en un an depuis la découverte d'un tout nouveau virus est vraiment remarquable", déclare Emma Hodcroft de l'Institut de médecine sociale et préventive (ISPM) de l'Université de Berne, premier auteur de l'article, "mais les outils qu'ils utilisent pour étudier la transmission et l'évolution du SRAS-CoV-2 n'ont jamais été conçus pour les pressions uniques - ou volumes de données - de cette pandémie". Le SRAS-CoV-2 est aujourd'hui l'un des agents pathogènes les plus séquencés de tous les temps, avec plus de 600 000 séquences du génome complet générées depuis le début de la pandémie, et plus de 5 000 nouvelles chaque jour.